La génétique végétale au centre de la station d’expérimentation agricole du New Arkansas Statisticien

Fred Miller, Division de l’agriculture

Samuel Fernandes, un nouveau statisticien agricole, a rejoint l’Arkansas Agricultural Experiment Station en juin.

Samuel Fernandes, professeur adjoint de statistiques agricoles, combine les progrès de l’informatique avec des éléments de l’agriculture pour aider les sélectionneurs de plantes, les producteurs et les consommateurs.

“Parfois, nous n’avons ni le temps ni les ressources pour faire l’expérience appropriée dont nous aurions besoin pour répondre à certaines questions spécifiques”, a déclaré Fernandes. Par exemple, il n’est pas possible d’étudier les plantes dans plus de 1 000 emplacements, mais les programmes informatiques permettent aux chercheurs d’évaluer des conditions données sur de nombreuses années.

“C’est une simplification de la vie réelle, mais c’est quelque chose qui nous permet de répondre à de nombreuses questions utiles.”

Fernandes, originaire de Minas Gerais, au Brésil, a rejoint le laboratoire de statistiques agricoles de la station d’expérimentation agricole de l’Arkansas en juin. Il partagera principalement ses recherches entre les départements des sciences des cultures, du sol et de l’environnement et de l’horticulture.

Avant de rejoindre la station expérimentale, la branche de recherche de la Division du système de l’agriculture de l’Université de l’Arkansas, Fernandes a étudié le développement et l’application de méthodes multivariées sur les données génomiques de la sélection végétale en tant qu’étudiant postdoctoral à l’Université de l’Illinois.

Il a développé un package de simulation appelé “simplePHENOTYPES” sur le programme statistique R.

Le package aide les chercheurs à simuler des observations phénotypiques basées sur des données de marqueurs moléculaires, a déclaré Fernandes.

Ils peuvent utiliser ces observations pour tester différentes méthodes, comme celle pour détecter le nombre de gènes impliqués dans un trait, a-t-il déclaré. Si les chercheurs appliquent leur méthode à des données de rendement simulées, par exemple, ils sauront si leur modèle est adapté ou non pour détecter les gènes responsables des données de rendement réel des plantes.

“Si nous l’exécutons sur des données réelles, nous ne serions jamais certains des performances de notre méthode”, a déclaré Fernandes. Dans les données réelles, on ne sait pas combien de gènes sont impliqués dans l’architecture génétique d’un trait donné.

La simulation de Fernandes a été publiée au début de 2020 et compte plus de 12 000 téléchargements, a-t-il déclaré.

À l’Arkansas Agricultural Experiment Station, ses recherches porteront sur la génétique quantitative. Il utilisera ses anciens programmes et méthodes à l’université pour aider d’autres chercheurs à développer de nouvelles variétés de plantes et de nouveaux outils de recherche.

« L’expérience et l’expertise du Dr Fernandes en génétique ont le potentiel de renforcer considérablement nos programmes de sélection végétale », a déclaré Jeff Edwards, chef du département des sciences des cultures, des sols et de l’environnement pour la division du système d’agriculture de l’Université de l’Arkansas et le Dale Bumpers College. des sciences de l’agriculture, de l’alimentation et de la vie.

“Ses recherches permettront à nos sélectionneurs de soja et de riz d’être plus précis et efficaces et de sélectionner des traits qui profiteront aux parties prenantes de l’Arkansas”, a déclaré Edwards.

Fernandes discute déjà d’éminentes collaborations avec de nombreux chercheurs de l’Université de l’Arkansas, dont Margaret Worthington, professeure adjointe de sélection et de génétique des fruits, et Christian De Guzman, professeur adjoint de sélection et de génétique du riz.

L’approche de recherche axée sur la collaboration de Fernandes est une grande force, a déclaré Edwards. “J’ai vraiment hâte que son expertise et ses compétences soient intégrées à nos programmes de recherche actuels et de voir comment ses efforts nous poussent dans de nouvelles directions.”

Fernandes enseignera également des cours d’introduction aux statistiques par le biais du Dale Bumpers College of Agricultural, Food and Life Sciences de l’Université de l’Arkansas.

“Je me suis beaucoup concentré sur la génétique quantitative, mais maintenant j’aurai la chance de revenir un peu plus en arrière et de travailler avec ce domaine que j’ai toujours aimé”, a déclaré Fernandes à propos de l’enseignement des cours de statistiques.

Fernandes a dû traverser de nombreuses passions pour trouver où il en est maintenant. Son père est un éleveur, donc les animaux et les plantes l’ont toujours intéressé. Mais il aimait aussi l’informatique et voulait également s’y intéresser.

Ce n’est que lorsqu’il a effectué un stage en sélection végétale qu’il a eu l’impression de trouver le domaine avec le bon mélange de plantes et d’informatique.

Fernandes a obtenu son baccalauréat en agronomie de l’Université de Brasilia en 2010. Il a obtenu sa maîtrise et son doctorat. en génétique et sélection végétale de l’Université de Lavras en 2012 et 2016, respectivement.

Fort de son expérience en recherche sur les plantes, il espère pouvoir communiquer efficacement les données aux étudiants et aux chercheurs.

“En plus d’avoir cette éducation, j’ai grandi dans une ferme – mon père est un éleveur”, a déclaré Fernandes. “Donc, je sais de quoi ils parlent quand ils viennent me parler de choses liées à l’agriculture.

“Je pense que cela pourrait être quelque chose de bénéfique pour la recherche et l’enseignement ici.”

Pour en savoir plus sur la recherche de la Division de l’agriculture, visitez le site Web de la station d’expérimentation agricole de l’Arkansas : aaes.uada.edu. Suivez-nous sur Twitter à @ArkAgResearch.

Pour en savoir plus sur la Division de l’agriculture, visitez uada.edu. Suivez-nous sur Twitter à @AgInArk.

A propos de la Division de l’Agriculture: La mission de la Division du système de l’agriculture de l’Université de l’Arkansas est de renforcer l’agriculture, les communautés et les familles en reliant la recherche fiable à l’adoption des meilleures pratiques. Par l’intermédiaire de la Station d’expérimentation agricole et du Service de vulgarisation coopérative, la Division de l’agriculture mène des travaux de recherche et de vulgarisation au sein du système historique d’éducation sur les concessions de terres du pays. La Division de l’agriculture est l’une des 20 entités du système de l’Université de l’Arkansas. Il a des bureaux dans les 75 comtés de l’Arkansas et des professeurs sur cinq campus du système. La division du système agricole de l’Université de l’Arkansas offre tous ses programmes et services de vulgarisation et de recherche sans distinction de race, de couleur, de sexe, d’identité de genre, d’orientation sexuelle, d’origine nationale, de religion, d’âge, de handicap, d’état matrimonial ou d’ancien combattant, d’informations génétiques ou tout autre statut légalement protégé, et est un employeur d’action positive / d’égalité des chances.

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